确保勘察设计资质申请过程中的信息安全可以从以下几个方面着手：

1. **电子化申报与加密传输**：

   - 现代行政服务趋向于电子化，企业可以通过官方指定的网络平台提交资质申请材料，选择使用HTTPS等加密协议进行数据传输，确保信息在网络上传输时不被窃取。

2. **数据备份与安全存储**：

   - 企业应对提交的电子文档进行加密保存，同时对敏感信息进行备份，并存放在安全的服务器或物理介质上，防止数据丢失和非法访问。

3. **权限控制与人员培训**：

   - 对接触资质申请信息的内部人员进行权限设置，确保只有授权人员才能访问和处理相关数据。同时，定期对员工进行信息安全和保密知识培训，增强员工的安全防范意识。

4. **签署保密协议**：

   - 在提交申请材料前，可以与受理资质申请的政府部门或第三方服务中介机构签订保密协议，约定双方在处理信息过程中的保密义务。

5. **遵循法律法规**：

   - 严格遵守《网络安全法》、《个人信息保护法》等相关法律法规，确保在收集、使用、存储和传输个人信息和商业秘密时遵循法律要求。

6. **使用权威可靠的电子签名技术**：

   - 在线提交申请时，采用国家认可的电子签名技术，确保电子文档的法律效力和安全性。

7. **定期安全审计**：

   - 定期进行信息安全风险评估和审计，发现问题及时整改，保障信息安全体系的有效运行。

8. **政府部门保密措施**：

   - 相信政府部门在接收和处理企业提交的资质申请信息时，也会采取严格的保密措施，保护企业的信息安全。

总之，确保勘察设计资质申请过程中的信息安全需要企业自身和政府部门共同努力，通过技术和管理手段相结合的方式来实现。